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肽段酶切概率和质谱可检测性的深度学习预测（图）
肽段酶切 质谱 可检测性 深度学习
2023/6/13
在高通量蛋白质组学中，蛋白质首先会被酶切为肽段，再通过质谱仪进行检测分析，最后基于对质谱数据的解析完成对肽段和蛋白质的研究。然而，在质谱实验中，并不是所有理论上可能的肽段都能被检测到，造成了质谱数据的随机性和解读上的困难。准确的肽段酶切概率和可检测性预测能够对蛋白质组学的实验设计和数据分析提供有力帮助。
在高通量蛋白质组学中，蛋白质首先会被酶切为肽段，再通过质谱仪进行检测分析，最后基于对质谱数据的解析完成对肽段和蛋白质的研究。然而，在质谱实验中，并不是所有理论上可能的肽段都能被检测到，造成了质谱数据的随机性和解读上的困难。准确的肽段酶切概率和可检测性预测能够对蛋白质组学的实验设计和数据分析提供有力帮助。
质谱是一种广泛应用于化学、生物医学、药学、环境、农业和能源等各领域的分子结构鉴定技术，这种技术通过准确测定分子离子和碎片离子的质量-电荷比来推导分子结构。如何将试样中待测组分有效气化、离子化，转变为具有不同质-荷比的气态离子是质谱仪器和分析方法研究的关键。基于不同物理化学原理的电离、解离方法各有特点，适合不同分析目的。常见的软电离技术一般产生稳定的偶电子离子，往往需要与其他技术联用才能实现分子离子...
探索并建立了一种快速、简便且高通量定量磷酸化蛋白质组的策略，即采用连续互补的磷酸化富集方法SMOAC（Sequentialenrichmentofmetaloxideaffinitychromatography）结合TMT（Tandemmasstag）标记技术定量磷酸化蛋白质组学。以3例经紫草素处理的及3例正常的人肝癌HepG2细胞为实验材料，经Trypsin酶解后的肽段用TMT10-plex试剂...
在Fe3O4磁芯上通过逐层修饰构建了葡萄糖-6-磷酸(G6P)功能化亲水磁探针Fe3O4@PDA@TiO2@G6P.聚多巴胺(PDA)可以作为偶联连接剂进一步接枝二氧化钛(TiO2);接枝的TiO2除作为G6P的锚定位点外,还可通过金属氧化物亲和层析技术有效富集磷酸肽;G6P的官能化赋予了纳米球高亲水性的表面,并利用亲水作用液相色谱法实现了糖肽的捕捉.实验结果表明,探针对糖肽具有低的检出限(0.1...
建成集色谱-质谱、色谱、光谱等多种分析技术为一体，能够多层次、多角度地对各种生物体中的小分子代谢物进行定性定量分析及空间成像分析方法技术，包括多酚、植物激素、类胡萝卜素、抗生素、糖类、氨基酸、挥发性物质等代谢轮廓分析技术，初级、次级、脂质等非靶标代谢分析技术，以及针对特定代谢物如维生素类、核苷酸类、多胺、酰胺类等靶标代谢分析技术，广泛应用于水稻、玉米、香蕉、茶叶、瓜类等农作物代谢生物学研究。先后与...
单甘酯硅烷化衍生及气相色谱-质谱分析
单甘酯 衍生方法 质谱特征 气相色谱-质谱法(GC-MS) 罗氏海盘车
2020/12/2
为分析罗氏海盘车性腺的单甘酯组成,本研究对单甘酯的衍生方法和色谱条件进行优化,并对单甘酯硅烷化衍生物的断裂规律和质谱特征进行分析,同时对罗氏海盘车性腺的单甘酯组成进行分析测定。结果表明,三甲基硅烷化法对单甘酯具有理想的衍生效果,且通过弱极性毛细管柱HP-5MS(30 m×0.25 mm×0.25 μm)对单甘酯硅烷化衍生物取得了理想的色谱分离效果。根据断裂规律和质谱特征,1-单甘酯硅烷化衍生物的特...
β-伴大豆球蛋白的N-糖基化位点及其N-糖链的质谱分析
β-伴大豆球蛋白 糖基化位点 N-糖链 质谱
2019/1/16
以β-伴大豆球蛋白（β-conglycinin）为研究对象，利用Trypsin和Pepsin酶对其进行水解，以Con A亲和层析柱富集纯化糖肽，并用糖苷酶PNGase F和Endo H分别酶解糖肽，再采用电喷雾质谱（ESI-MS）和串联质谱（MS/MS）对所得肽段的氨基酸序列及糖链的结构进行了分析，最后通过数据库检索对分析结果进行验证.结果表明，β-conglycinin具有5个N-糖基化位点，分...
7-乙基-14-氨基喜树碱（EAC）是具有良好抗肿瘤活性的新型喜树碱衍生物，为测定静脉注射EAC后原形化合物及其酰胺型代谢产物（EAC-M）在体内的浓度，揭示体内动力学性质，现研究建立了同时定量测定SD大鼠血浆中EAC和EAC-M的UPLC-MS/MS方法。以7-乙基-14-硝基喜树碱（ENC）、吉咪替康（CMT）为内标，血浆样品加入内标溶液和乙腈沉淀蛋白后，以Phenyl-Hexyl柱（2.1 ...
电感耦合等离子体质谱法测定甲醇中微量元素
甲醇 电感耦合等离子体质谱法 微量元素
2014/3/8
为了建立低检出限、高精密度的甲醇检测方法，采用电感耦合等离子体质谱法（ICP-MS）测定甲醇中Li、Na、K、Ca、Al、Mo、Sb、W等15种微量元素的含量。测试方法的线性相关系数在0.999 8～1.000之间，甲醇样品中杂质含量较低，均小于0.5 μg/L。各元素的加标回收率在92％～105％之间，相对标准偏差RSD小于4%，测试结果准确，精密度高，方法检出限低，可达0.000 5～0.01...
碳同位素检测值准确度与信号强度之间的关系探讨
碳同位素值 信号强度 检测值 色谱-热转换-质谱
2014/3/8
为了满足油气田科研工作的需要，为勘探开发提供准确的数据，利用GC-C-IRMS技术对鄂尔多斯盆地的天然气样品进行在线碳同位素分析。由于该盆地天然气中甲烷含量很高，乙烷等重烃含量很低，要获得乙烷、丙烷等组分准确的碳同位素值，通常需要通过两次进样完成对一个样品的分析。经过多次反复实验，发现Almp 44 mV信号强度与检测值之间有一定的关系，当Almp 44 mV信号强度小于190 mV时，数据的稳定...
利用高分离快速液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(RRLC-Q-TOF MS)联用技术对人参皂苷Rd酸水解产物进行了分析研究。通过化合物的保留时间、精确分子质量信息、串联质谱碎片信息，分析鉴定了7种Rd酸水解产物，分别为C-Y1、C-Y2、F2、20(S)-Rg3、20(R)-Rg3、Rk1和Rg5。串联质谱分析水解产物获得了原人参二醇苷元特征离子m/z 459（20(S)-Rg3，20(R)-Rg3...
牙齿中微量元素Sr的含量和87Sr/86Sr比值可提供居民生活地域、饮食习惯以及口腔健康信息，广泛运用于口腔医学、科技考古、法医鉴定、古生态学等领域。对陕南地区居民健康齿和龋齿中Sr含量和87Sr/86Sr比值进行测定，结果表明，龋齿中Sr含量在79.70~85.80 μg/g之间，而健康齿中Sr含量在128.00~156.77 μg/g之间，龋齿中Sr含量明显低于健康齿；但87Sr/86Sr比值...
固态法白酒与固液法白酒的同位素鉴别技术
气相色谱-燃烧-稳定同位素比值质谱 固态法白酒 固液法白酒 δ13C 乙醇
2014/3/8
固态法白酒和固液法白酒的鉴别是当前白酒行业所面临的技术难题。本实验以碳稳定同位素为指标，建立了气相色谱-燃烧-同位素质谱(GC-C-IRMS)联用方法测定白酒中乙醛、乙醇、丙醇、异丁醇、异戊醇、乳酸乙酯等主要挥发性物质中的δ13C。测定了43个传统固态法白酒样品，其乙醇δ13C分布范围为（-17.65±1.31）‰，测定了24个流通领域白酒样品，其乙醇δ13C分布范围为（-15.30±1.41）‰...
DART-Orbitrap质谱法快速筛查饲料中磺胺类药物
实时直接分析 Orbitrap质谱 饲料 磺胺类药物 快速筛查
2014/3/8
利用新型离子化技术——实时直接分析(DART)离子源与高分辨质谱Orbitrap联用，建立饲料中非法添加磺胺类药物的快速筛查方法。通过对DART离子化温度、样品检测模式等参数进行探索优化，最终确定饲料经过乙腈-水溶液简单提取，液体筛网模块进样，450 ℃下离子化，Orbitrap高分辨质谱在全扫描模式下定性检测，并进行相关的方法学验证，方法检出限为1.0~4.0 μg/g。该方法前处理简单、检测速...