搜索结果: 1-15 共查到“物理化学 动力学模拟”相关记录99条 . 查询时间(0.69 秒)
选取64个具有潜力的含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶（CDK9）小分子抑制剂，采用分子对接方法研究了该类小分子与CDK9的结合作用，结果表明，分子构象、氢键形成、疏水性和氨基酸残基Cys106在此类抑制剂与CDK9的结合过程中具有重要作用. 在配体叠合的基础上，运用比较分子力场分析（CoMFA）、比较分子相似性指数分析（CoMSIA）和Topomer CoMFA（T-COMFA）研究了分子结构与抑...
采用分子动力学模拟研究了以十二烷基苯磺酸钠（SDBS）为代表的阴离子型表面活性剂，以十二烷基三甲基溴化铵（DTAB）为代表的阳离子型表面活性剂，以壬基酚聚氧乙烯醚（NPE）为代表的非离子型表面活性剂，以十二烷基二甲基甜菜碱（Betaine）为代表的两性表面活性剂及空白实验.模拟了表面活性剂在油水界面上的行为，
采用从头算分子动力学模拟与密度泛函理论相结合的方法，计算模拟了不同尺寸的Pdn（n=1~32）金属团簇在UiO-66孔道中的稳定构型，并对金属团簇与材料骨架之间的作用方式、结合能及骨架形变能等进行了讨论. 采用Bader电荷分析方法对该体系的电荷转移情况进行了计算分析. 结果表明，Pdn团簇稳定负载于UiO-66材料的四面体笼中，且均呈堆积型构型. 当Pd原子个数为28时体系的热力学稳定性最好，这...
为了更好地理解贻贝在表面的黏附机理，实现水下胶黏，采用分子动力学方法研究了多巴在自组装膜上的黏附性：采用伞形取样和加权柱状图分析方法计算了多巴在不同自组装膜表面的黏附自由能，使用拉伸分子动力学模拟研究了多巴在不同自组装膜表面上黏附后的脱附力.结果表明，多巴在带负电的羧基自组装膜上的黏附能比在带正电的氨基自组装膜上的大，多巴更容易黏附到带负电表面；多巴在带电表面的黏附能比未带电表面的黏附能更强，表明...
基于环四甲撑四硝胺(HMX)主要生长面和共晶形成氢键规则，搭建6种HMX/1基于环四甲撑四硝胺(HMX)主要生长面和共晶形成氢键规则，搭建6种HMX/11-二氨基22-二硝基乙烯(FOX-7)共晶模型。采用分子动力学(MD)模拟研究HMX/FOX-7共晶炸药形成的可能性。MD模拟过程中键长、键角、二面角发生严重扭曲。径向分布函数（RDF）考察HMX中氧原子和FOX-7中氢原子或HMX中氢原子和FO...
烷基芳基磺酸盐的分子动力学模拟与自由能微扰计算
分子动力学模拟 烷基芳基磺酸盐 胶束化 水合自由能
2010/3/9
为研究不同结构的表面活性剂分子在溶液中胶束化能力的差异, 采用分子动力学方法模拟三种烷基芳基磺酸盐在真空和水溶液环境下的结构与相互作用. 利用自由能微扰(FEP)方法计算了水合自由能, 发现与用传统热力学表面张力法测定自制的烷基芳基磺酸盐结果一致. 研究表明: 烷基芳基磺酸盐在水溶液中的胶束化过程是自发进行的, 随着分子结构中芳环向长烷基链中间位置移动, 胶束化能力和胶束稳定性均下降; 疏水基周围...
利用混合量子-经典动力学模拟方法, 考察了不同管径的单壁碳纳米管(SWCT)中受限溶剂氩的径向分布以及溶质I2分子的振动弛豫动力学, 给出了I2分子的振动频率位移、振动弛豫时间随受限碳纳米管管径尺寸变化的关系. 以I2分子的振动频率位移为探针, 根据I2分子与周围环境作用的实时信息, 分析了管壁、受限溶剂对光谱探针的贡献, 在原子、分子层次上揭示了诱导频率位移的微观机制; 此外, 通过分析探针光谱...
小尺寸金属团簇熔化过程的分子动力学模拟
团簇 熔化 分子动力学模拟
2010/1/13
运用分子动力学方法模拟了小尺寸金属团簇的熔化过程, 原子之间的作用采用嵌入原子法(EAM)模型, 计算了均方根键长涨落δ随温度的变化, 以及升温过程中团簇热容的变化. 包含55、56个原子的面心立方(FCC)结构Au团簇的熔化过程是基本相同的. 而同样结构和数目Cu团簇的熔化过程却呈现出不同的趋势. Cu55、Cu56在模拟过程中都出现了FCC结构到二十面体结构的转变. 但由于表面多出了一个原子,...
甘油水溶液氢键特性的分子动力学模拟
分子动力学模拟 径向分布函数 低温保护剂 水溶液
2010/1/6
为了研究低温保护剂溶液的结构和物理化学特性, 以甘油为保护剂, 采用分子动力学方法, 对不同浓度的甘油和水的二元体系进行了模拟. 得到了不同浓度的甘油水溶液在2 ns内的分子动力学运动轨迹, 通过对后1 ns内运动轨迹的分析, 得到了各个原子对的径向分布函数和甘油分子的构型分布. 根据氢键的图形定义, 分析了氢键的结构和动力学特性. 计算了不同浓度下体系中平均每个原子(O和H)和分子(甘油和水)参...
甲酰胺水溶液的分子动力学模拟
分子动力学模拟 氢键 径向分布函数 甲酰胺
2010/1/5
为了解重要的生化模型甲酰胺在水溶液中的微观结构, 采用全原子力场在全浓度范围内对甲酰胺溶液进行了分子动力学模拟, 得到了溶液的径向分布函数, 分析计算了溶质和溶剂分子间的相互作用, 对甲酰胺和水分子的氢键缔合情况进行了分析. 研究发现羰基侧的H原子与水分子能形成C—H…O弱相互作用. 在作者早期的研究中发现, 此相互作用对于阻碍甲酰胺的异构化具有重要意义, 特别是当甲酰胺在溶液中含量增大时, 此相...
金属铜升温熔化过程的分子动力学模拟
FS势 分子动力学模拟 升温熔化过程 金属铜
2010/1/5
采用分子动力学方法模拟了金属铜的升温熔化过程.原子间作用势采用FS (Finnis-Sinclair)势，结构分析采用双体分布函数(PCF)、均方位移(MSD)等方法.计算结果表明,在连续升温过程中，金属铜在1444 K熔化，在该熔化点的扩散系数为4.31×10－9 m2•s－1.上述结论与实验值相当接近，并且比之采用EAM镶嵌原子势所作模拟得到的结果更佳，说明FS势可以用来处理象液铜...
通过分子对接建立了一系列含二氟甲基磷酸基团(DFMP)或二氟甲基硫酸基团(DFMS)的抑制剂与酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B(PTP1B)的相互作用模式, 并通过1 ns的分子动力学模拟和molecular mechanics/generalized Born surface area (MM/GBSA)方法计算了其结合自由能. 计算获得的结合自由能排序和抑制剂与靶酶间结合能力排序一致; 通过基于主方程的...
根据石英玻璃高温下的分子动力学研究, 分析了势函数中多体势在高温应用下的局限性, 认为离子型对势在模拟石英玻璃高温结构方面优于多体势. 在原子电荷转移方面, 计算并分析了Si和O原子电荷大小对计算原子自扩散系数的影响, 发现用原子电荷转移较少的Morse势函数计算的原子自扩散激活温度比BKS势函数计算的低, 而且在同一温度下, 自扩散系数的计算值也随着原子电荷的减小而增大, 因此, 较小的原子电荷...
利用分子动力学模拟方法, 考察了人体端粒中(3+1)混合结构G-四链体的结构及稳定性问题. 讨论了配位K+离子、药物分子(端粒抑素)和溶剂水分子对G-四链体的Hoogsteen氢键结构、π-π堆积作用的影响. 研究表明, K+离子与鸟嘌呤碱基上O6原子的配位作用减弱了对角鸟嘌呤间O6-O6的静电排斥作用, 使得相邻的四个鸟嘌呤能够以Hoogsteen氢键结合的方式形成具有近平面结构的稳定G-四平面...