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内源性或者环境中的甲基化分子会在多个部位修饰胞内DNA,由此引致诱变性病变甚至致死。为了避免甲基化引起的不良后果,生物体内存在多种DNA甲基化损伤修复机制以保持基因组的完整性,这其中包括了DNA糖基化酶、DNA甲基转移酶以及AlkB介导的氧化脱甲基酶这三类主要的酶类。大肠杆菌AlkB蛋白是依赖于Fe2+和α-酮戊二酸的一种氧化脱甲基酶,它可以氧化目标甲基基团并释放出甲醛以避免DNA甲基化损伤。