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iBond数据库是由清华大学程津培院士领衔创建的全球最权威的键能数据库，其收集了文献报道的两万余种化合物的约三万五千个准确pKa数据。研究团队对iBond数据库中已有数据进行了系统整理标记，形成了种类丰富、溶剂分布广泛、数据分布合理的数据集。在自此基础上，团队引入了结合化合物结构特征和物理化学性质的SPOC描述符对化合物进行精确描述，并采用当前流行的XGBoost和神经网络算法构建了高精度预测模型...
基于关联规则挖掘的蛋白质相互作用的预测
关联规则挖掘 蛋白质相互作用 序列编码 氨基酸分类
2012/12/10
利用蛋白质的一级结构信息，采用三肽频数方法刻画蛋白质序列，将关联规则(association rule,AR)挖掘应用于蛋白质相互作用(proteinprotein interactions, PPIs)的预测.计算结果表明，提出的方法在半胱氨酸不同分类的情况下都能够准确地预测蛋白质相互作用.最后，比较半胱氨酸的不同分类对预测结果的影响.
为了解我国早期建设的简易填埋堆场底部天然土层中污染物迁移状况,作者以安徽某填埋场为例,在前期现场勘查、取样和室内测试工作基础上建立了三维有限元分析模型,对宏量有机污染物COD在土层中的迁移状况进行了模拟分析.通过拟合求参获得COD在该场底土层中扩散系数、机械弥散系数和阻滞因子等运移参数的合理取值,在此基础上开展了污染物长期迁移模拟和预测.模拟与分析结果表明,在该场地土层条件和高渗滤液水头条件下,土...
结合生物信息学方法及分子模拟手段, 通过同源模建方法构建了乙型肝炎病毒表面抗原(HBsAg)Pres12的三维空间结构, 并结合生物实验在分子水平上探讨了乙型肝炎病毒表面抗原Pres12作为抗乙型肝炎病毒重要靶标的机理. 研究结果表明, HBsAg三维空间结构是由构型性的Pres1和线性的Pres2组成, 此结构由疏水氨基酸形成3个α-螺旋结构及Loop结构域, 并且N端由Pres1中残基构成了一...
为深入认识含氟农药生物活性与其结构之间的关系, 建立了理想的QSAR模型, 从化合物油水分配系数等7个分子结构描述符出发, 基于支持向量回归(SVR)和MSE最小原则, 经自动寻找最优核函数和非线性筛选描述符, 构建了多个K-最近邻(KNN)预测子模型. 再经非线性筛选获得保留子模型, 以保留子模型实施组合预测(Multi-KNN-SVR). 33种含氟化合物对5种不同病害生物活性的留一法组合预测...
基元通量模式预测酵母生长现象
预测 基元通量模式 啤酒酵母 生长现象
2008/6/29
本文通过EFM预测了基因突变后的酵母细胞生长现象, 模拟预测结果和实验结果吻合很好; 与FBA方法得到的模拟结果相比较, EFM方法能更好地把基因突变和其表型(生长)联系起来.
摘要 根据分子结构的特点,通过用染色矩阵和邻接矩阵对分子结构进行矩阵化表征,发展了一种根据分子结构信息烷烃密度的新方法---基团键贡献法。该方法有机地将基团贡献法和化学键贡献法结合在一起,既考虑了分子中基团的特性,又考虑了基团之间的连接性(化学键),具有基团贡献法和化学键贡献法的特点。对658种烷烃的计算结果表明,密度预测值十分接近实验值,平均误差0.245%,进一步外推对聚乙烯、聚丙烯和聚1-丁...
胰蛋白酶和苯酰氨类抑制剂结合自由能的预测
胰蛋白酶 抑制剂 药物 分子动力学
2007/12/25
摘要 用基于线性响应近似的自由能预测方法计算胰蛋白酶和苯酰氨类抑制剂的结合 自由能。计算结果表明，单参数，双参数和三参数模型具有相似的线性回归系数， 但三参数和双参数模型的交互验证回归系数要明显优于单参数模型。从预测能力来 看，双参数模型和三参数模型都能够很好地预测测试集中抑制剂的结合自由能，其 中双参数模型预测的结果要略优于三参数模型的预测结果。对测试集中的抑制剂， 双参数模型预测得到的预测自由...