搜索结果: 61-75 共查到“物理化学 酶”相关记录252条 . 查询时间(0.437 秒)
喹啉加氧酶中氧气扩散的通道分析
喹啉加氧酶 氧气扩散 随机加速分子动力学 伞状抽样
2019/1/21
通过生物信息学分析、量化计算优化、CAVER和MDpocket预测、随机加速分子动力学及伞状抽样动力学模拟等方法，对喹啉加氧酶（HOD）中的氧气扩散途径进行了计算预测.结果表明，氧气在HOD中的反应位点包埋在蛋白内部，而HOD中有数条可能的通道供氧气进出，其中长度最短的通道具有最高的优先度，不仅在随机加速动力学模拟中具有最高的氧气逸出概率，而且伞状抽样方法计算得到的自由能也最低.此通道的内端位于底...
应用分子模拟方法研究了血管紧张素转换酶（Angiotensin-converting enzyme，ACE）C端结构域（C-domain）与两种抑制肽（RIGLF/AHEPVK）的结合机制，预测了两个体系的结合模式，提出在C-domain-RIGLF中His353，Asp377，Asp453，Phe457，His513，Tyr523和Phe527为RIGLF主要结合残基，而在C-domain-AH...
中国科学院化学研究所在漆酶生物电化学和电催化研究方面取得新进展（图）
中国科学院化学研究所 漆酶生物 电化学 电催化
2017/3/20
漆酶作为一种多铜族氧化酶，因其能够实现在较低过电位下对于氧气分子的电化学催化还原，因而在生物燃料电池和生物电化学的传感研究领域中备受关注。和其他生物酶相似，漆酶具有复杂的分子结构，其活性中心的铜离子(氧化酚类底物的T1铜离子和还原氧气的T2-T3铜簇，图1）深埋于酶分子的内部。这些特点决定了在常规的电化学体系中，很难实现漆酶分子的直接电子转移和基于此的生物电化学催化，尽管这些研究在生物电化学的基础...
新试剂有助用酶催化电解水制氢
新试剂 酶 催化
2013/7/1
法国国家科研中心日前发表公报说，该中心参与的一个研究小组发明一种新试剂，能在试管内激活微生物体内的一种酶，这种酶能催化电解水制氢过程，降低电解水制氢成本。
脂肪酶AK对富勒烯封端聚己内酯的降解
富勒烯封端聚己内酯 聚己内酯 脂肪酶AK 滴定法
2013/9/4
采用滴定法并以聚己内酯PCL为对照, 探讨了富勒烯封端聚己内酯C60-PCL的脂肪酶AK降解行为. 实验发现, PCL和C60-PCL的酶解反应均符合米氏方程, 其动力学参数Km 分别为0.75和0.16 mg•mL−1, 最大降解速度Vmax分别为0.90和0.43 mL•h−1. 在同等条件下C60-PCL降解速率较PCL减小, 表明富勒烯的引入...
建立了一种检测白血病细胞表面抗原的细胞酶联免疫电化学分析新方法. 该方法兼有细胞酶联免疫分析抗原、抗体结合的特异性和插指电极阵列酶催化银沉积电化学分析的灵敏性. 在聚苯乙烯微孔板中包被白血病细胞, 先后加入鼠抗人抗体及碱性磷酸酶(ALP)标记的马抗鼠抗体, ALP催化抗坏血酸磷酸酯(AAP)水解成抗坏血酸(AA), AA使银离子还原成银单质并沉积到插指电极阵列表面, 导致插指电极阵列上相邻两个梳齿...
镍离子与酵母乙醇脱氢酶的相互作用
构象变化 镍离子 酵母乙醇脱氢酶 相互作用
2010/3/9
不同体系中, 金属离子与蛋白以不同的结合方式相互作用. 酵母乙醇脱氢酶是一个含锌金属酶, 它可催化乙醇脱氢为乙醛的反应. 本文应用紫外-可见光谱、荧光光谱、差示扫描量热法等技术研究了二价镍离子与酵母乙醇脱氢酶的相互作用. 镍离子与酶结合后在320 nm出现了紫外吸收带, 同时荧光光谱反映了酶的构象变化, 紫外与荧光谱均展现了结合过程的双相动力学. 镍离子与酶的相互作用导致了酶由四聚体向二聚体的解离...
SARS冠状病毒3CL蛋白酶及其抑制剂的理论研究
SARS冠状病毒3CL蛋白酶 抑制剂 对接 分子动力学模拟
2010/1/19
应用AutoDock程序将SARS冠状病毒3CL蛋白酶及其抑制剂配体和受体进行了对接,并用InsightⅡ中的Discover 3模块进行了分子动力学模拟,分析了蛋白酶活性口袋的形状,讨论了其亚基的氢键、静电、疏水等相互作用,为进一步设计药物提供了重要的参考信息.
首次采用动态光散射研究了气相扩散法生长溶菌酶晶体.实验中采用了两种溶解溶菌酶的方法，所得实验结果是有区别的.这种区别表明了NaCl对溶菌酶分子间相互作用产生十分重要的影响.实验结果表明，晶体生长过程中，溶液中溶菌酶始终保持单分子与两分子聚集体的状态，这种状态是生长晶体的基础.
通过分子对接建立了一系列含二氟甲基磷酸基团(DFMP)或二氟甲基硫酸基团(DFMS)的抑制剂与酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B(PTP1B)的相互作用模式, 并通过1 ns的分子动力学模拟和molecular mechanics/generalized Born surface area (MM/GBSA)方法计算了其结合自由能. 计算获得的结合自由能排序和抑制剂与靶酶间结合能力排序一致; 通过基于主方程的...
人类丝氨酸消旋酶的同源模建及其与多肽类抑制剂的分子对接
人类丝氨酸消旋酶 分子动力学模拟 分子对接 同源模建
2009/12/28
利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类丝氨酸消旋酶(hSR)的三维结构, 并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的可靠性. 在此基础上用分子对接程序(affinity)将多肽类抑制剂A和B分别与hSR进行对接, 获得了其复合物结构的理论模型. 通过配体与受体之间相互作用能和结构分析给出了此类抑制剂与hSR的具体结合方式, 明确了hSR与此类抑制剂结合时起重要作用的氨基酸残基...
利用糖蛋白-凝集素的识别作用交替沉积伴刀豆球蛋白（Con A）与辣根过氧化物酶(HRP)制备酶自组装多层膜，用原子力显微镜（AFM）观测了自组装膜的表面形貌、表面粗糙度； AFM和椭圆偏振研究测定了自组装膜的厚度.结果表明, Con A和HRP膜厚分别为9.0和4.6 nm，与两者的晶体衍射结果一致，说明生物识别自组装方法能很好地保持分子的原有形态.以亚甲蓝（MB）溶液为介体，用循环伏安法测定了表...
微过氧化物酶水溶液的ABEEM/MM动力学模拟
ABEEM/MM浮动电荷分子力场 微过氧化物酶 血红素 构象 分子动力学模拟
2009/12/28
应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM), 对微过氧化物酶水溶液进行了分子动力学模拟. 研究了水溶液对微过氧化物酶的结构, 血红素的皱裂构象以及轴配体咪唑基的取向的影响. 结果表明, 在水溶液中微过氧化物酶的骨架氨基酸是稳定的, 而血红素的皱裂构象在水分子的作用下趋于平面. 与血红素轴配体咪唑基键连的组氨酸决定着咪唑基的空间取向, 而咪唑基与血红素侧链的丙酸基的静电作用对其取向仅...
γ-分泌酶抑制剂的药效团模型构建
阿尔茨海默病 计算机辅助药物设计 γ-分泌酶抑制剂 药效团
2009/12/25
利用Catalyst软件系统, 选择具有较高体外抑制活性的苯并二氮(艹卓)类化合物作为训练集, 经计算机建模, 构象优化, 由Catalyst系统构建出药效团模型. 并结合γ-分泌酶的作用机制等因素, 筛选出一个含有一个芳环中心, 一个疏水中心和两个氢键受体的具有较好预测能力(RMS=0.366343, Correl=0.95535, Weight=1.17389, Config=18.8671)...
用分子模拟方法研究HIV-1整合酶与咖啡酰基类抑制剂的相互作用
HIV-1整合酶抑制剂 整合酶 分子动力学模拟 咖啡酰基 没食子酰基
2009/12/25
用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究了一类咖啡酰基和没食子酰基类HIV-1整合酶抑制剂与整合酶之间的相互作用模式, 结果表明该类抑制剂分子上的两个侧链基团(咖啡酰基或没食子酰基)与整合酶的DDE基序之间的相互作用对抑制整合酶活性起到关键作用. 当侧链基团为没食子酰基时, 可以提高该类抑制剂与整合酶的结合能力. 采用线性相互作用能方法(LIE)计算了该类抑制剂与整合酶之间的结合自由能, 预测值...