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肽段酶切概率和质谱可检测性的深度学习预测（图）
肽段酶切 质谱 可检测性 深度学习
2023/6/13
在高通量蛋白质组学中，蛋白质首先会被酶切为肽段，再通过质谱仪进行检测分析，最后基于对质谱数据的解析完成对肽段和蛋白质的研究。然而，在质谱实验中，并不是所有理论上可能的肽段都能被检测到，造成了质谱数据的随机性和解读上的困难。准确的肽段酶切概率和可检测性预测能够对蛋白质组学的实验设计和数据分析提供有力帮助。
在高通量蛋白质组学中，蛋白质首先会被酶切为肽段，再通过质谱仪进行检测分析，最后基于对质谱数据的解析完成对肽段和蛋白质的研究。然而，在质谱实验中，并不是所有理论上可能的肽段都能被检测到，造成了质谱数据的随机性和解读上的困难。准确的肽段酶切概率和可检测性预测能够对蛋白质组学的实验设计和数据分析提供有力帮助。
为说明胰蛋白酶漏切位点数目设置对蛋白质搜库结果的影响，采用基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)高置信度地鉴定了细胞色素C和大豆脱落胁迫成熟蛋白。在细胞色素C和大豆脱落胁迫成熟蛋白的胰酶水解液中分别发现了2个和4个双胰酶漏切位点肽段，确认了文献中报道的当赖氨酸和赖氨酸相邻或赖氨酸、精氨酸各自与天冬氨酸或者谷氨酸相邻时，会引起胰蛋白酶的漏切。此外，还发现组氨酸赖氨酸...
Protein tyrosine phosphatase 1B(PTP 1B) which contains a catalytic cysteine plays important role in the negative regulating of insulin signaling, and it has been investigated as a therapeutic target i...
大肠杆菌O77中wabD基因编码的β-1,3-甘露糖基转移酶产物结构的质谱表征
Mannosyltransferase electrospray ionization mass apectrometry(ESI) gene function
2010/3/30
The O77 antigens of Escherichia coli contains a Man-β-1,3-GlcNAc linkage within the repeating unit. A synthetic substrate analog of the natural acceptor substrate undecaprenol-pyrophosphate-lipid [Glc...
十二烷基苯磺酸钠共振散射光谱法测定木瓜蛋白酶活力
木瓜蛋白酶 酪蛋白 十二烷基苯磺酸钠 共振散射光谱法
2009/4/28
在pH值6.5的磷酸盐缓冲溶液中，十二烷基苯磺酸钠(SDBS)与酪蛋白(Casein)形成缔合物微粒，在470，360，400，420和520 nm产生5个瑞利散射峰。在选定条件下，木瓜蛋白酶(Papain)可水解酪蛋白(Casein)，加SDBS可中止酶催化反应并与未反应的酪蛋白底物结合形成缔合物微粒。随着Papain浓度的增大，470 nm处的共振散射峰强度降低。Papain的酶活力在0.04...
山楂叶总黄酮中α-葡萄糖苷酶抑制剂的超滤质谱筛选研究
Ultrafiltration LC-DAD-ESI-MSn hawthorn leaves flavonoids FT ICR MS
2009/4/9
In vitro α-glycosidase inhibition assays and Ultrafiltration LC-DAD-ESI-MSn were combined to
screening α-glucosidase inhibitors from hawthorn leaves flavonoids extract. As a result, hawthorn leaves f...
在用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOFMS)测定蛋白质分子量的过程中,一些盐和蛋白质变性剂经常大大抑制样品信号,产生一些难以解析的离子峰,因此测试前应尽可能去除样品中的添加剂。为此,本研究建立了MALDI—TOFMS测试中在线纯化蛋白质样品的新方法。采用硝酸纤维素膜作为固相载体,将标准蛋白质溶菌酶制成含6 mol/L盐酸胍变性剂、2％SDS表面活性剂的100 mmol/L Tri...
基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法分析核糖核酸酶
核糖核酸酶 质谱 基质
2009/3/31
应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法（MALDI-TOF-MS）成功地对核糖核酸酶相对分子量进行测定。探讨三种不同基质对其分析结果的影响，实验中发现α-氰基- 4-羟基肉桂酸是适宜的基质，该方法是传统生物方法无法比拟的。
耐药相关果糖二磷酸醛缩酶C的生物质谱分析与鉴定
醛缩酶 基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱 二维凝胶电泳
2007/12/23
摘要 醛缩酶C是生命代谢过程中重要糖酵解同工酶之一. 应用二维凝胶电泳分离卵巢癌细胞中高表达的果糖二磷酸醛缩酶C, 并通过基质辅助激光解吸电离飞行时间串联质谱对其进行分析与鉴定, 结果表明应用高分辨二维凝胶电泳分离, 结合生物质谱联用技术分析和鉴定未知蛋白具有简单快捷的特点.
摘要 运用电喷雾离子化飞行时间质谱分析鸡蛋清溶菌酶与β－环糊精的复合物。通过减少β－环糊精的配制浓度至原来的1/5，发现形成1:2和1:3复合比的溶菌酶-β-环糊精复合物的离丰度减弱，但化学计量比为1:1的复合物变化不大，证明该新型复合物为非特异性非共价复合物。此外还对质谱参数、分析条件对复合物离子化的影响作了详尽的考察，得出在nozzle电压为200V时复合物信号最强，在不影响生物分子高级结构的...
用N,N-二甲基六烷基溴化铵涂层的毛细管对重组促红细胞生长素及其酶解产物进行毛细管电泳和毛细管电泳-电喷雾质谱分析
毛细管电泳 毛细管电泳-质谱联用 N N-二甲基六烷基溴化铵涂层 重组促红细胞生长素 酶解产物 微多相性 肽图
2007/12/13
采用毛细管电泳技术研究了重组促红细胞生长素(rhEPO)的分离问题。用N,N-二甲基六烷基溴化铵（6,6-ionene）涂层的毛细管测定了rhEPO中唾液酸的微多相性,同时采用毛细管电泳-质谱(CE-MS)联用技术在22 min内鉴定了rhEPO 20段胰酶消化肽中的11段。该方法简单快捷,重现性好,可用于蛋白质一级结构的测定。