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肽段酶切概率和质谱可检测性的深度学习预测（图）
肽段酶切 质谱 可检测性 深度学习
2023/6/13
在高通量蛋白质组学中，蛋白质首先会被酶切为肽段，再通过质谱仪进行检测分析，最后基于对质谱数据的解析完成对肽段和蛋白质的研究。然而，在质谱实验中，并不是所有理论上可能的肽段都能被检测到，造成了质谱数据的随机性和解读上的困难。准确的肽段酶切概率和可检测性预测能够对蛋白质组学的实验设计和数据分析提供有力帮助。
在高通量蛋白质组学中，蛋白质首先会被酶切为肽段，再通过质谱仪进行检测分析，最后基于对质谱数据的解析完成对肽段和蛋白质的研究。然而，在质谱实验中，并不是所有理论上可能的肽段都能被检测到，造成了质谱数据的随机性和解读上的困难。准确的肽段酶切概率和可检测性预测能够对蛋白质组学的实验设计和数据分析提供有力帮助。
S-普瑞巴林是γ-氨基丁酸的结构类似物，作为镇痛、抗惊厥和抗焦虑药物广泛应用于临床治疗。S-普瑞巴林药物在口服后迅速被人体吸收并主动转运到大脑中，因此与其他γ-氨基丁酸类药物相比，S-普瑞巴林的疗效更佳。目前S-普瑞巴林规模化生产工艺是利用2-氰基乙酰胺和异戊醛合成环亚胺，然后碱水解获得混消旋的R/S-单酰胺，进一步在氯仿溶液中使用R-(+)-1-苯乙胺进行化学拆分获得手性中间体R-单酰胺，最后经...
合成并表征了4种过渡金属钒取代的Keggin型磷钼酸盐Na3+nPMo12-nVnO40(PMo12-nVn)(n=2,3,4,5).酶动力学实验结果表明,4种多酸对酪氨酸酶的抑制类型为可逆的混合型抑制,过渡金属钒取代的个数会影响酪氨酸酶的抑制效果.当所加酶量为500U/mL时,PMo10V2,PMo9V3,PMo8V4和PMo7V5对酪氨酸酶的半抑制率(IC50)分别为(7.046±0.506)...
采用分子动力学模拟和拉伸分子动力学模拟方法，结合分子力学-广义玻恩表面积（MM-GB/SA）方法进行自由能计算和结构交互指纹分析，研究了模拟过程中非特异性底物（对氧磷/内酯）分别与嗜热磷酸三酯酶样内酯酶（SsoPox）野生型和突变体（W263F/W263T）结合的构象变化，分析了Loop8中重要残基Trp263的突变提高SsoPox非特异性底物活力的原因，发现其能够影响门控残基Phe229的构象变...
基于ThT荧光寿命检测蛋清溶菌酶蛋白寡聚体
寡聚体 硫磺素T 时间相关单光子计数 荧光寿命
2019/1/12
采用时间分辨荧光技术，检测了不同形态蛋白聚集体的荧光染料硫磺素T（ThT）荧光寿命.利用蛋清溶菌酶体外制备了蛋白聚集体；采用透射电子显微镜（TEM）及ThT稳态荧光检测了结合蛋白纤维生长的动力学曲线，确定其形成寡聚体及纤维样聚集体的特征和时间.通过时间相关单光子计数（TCSPC）技术测定了蛋清溶菌酶单体、寡聚体和淀粉样纤维的ThT荧光寿命曲线，并拟合、计算其荧光寿命.根据圆二色谱（CD）分析结果推...
以立体选择性羰基还原酶（RCR）的双突变酶RCR-F285A/W286A为对象，考察了该突变酶对酮酯类和杂环酮类底物的催化性能（包括酶活力和动力学参数）及对映体选择性，发现其对2-氧代-4-苯基丁酸乙酯（OPBE）、苯甲酰基乙酸乙酯（EBA）和1-苄基-3-吡咯烷酮均具有酶活性，并且以高光学纯度生成相应手性醇（e.e.>99%）.考察了反应条件对产率最高的OPBE的不对称转化反应的影响，结果表明，...
人参皂苷β-葡萄糖苷酶基因的毕赤酵母载体构建及生物转化
人参皂苷β-葡萄糖苷酶 人参皂苷Rb1 载体构建 毕赤酵母 生物转化
2019/1/14
将人参皂苷β-葡萄糖苷酶（GluGF）基因与表达载体pPIC9K连接，构建重组质粒，转化至毕赤酵母中表达，并用于人参皂苷Rb1的催化转化.研究结果表明，成功构建了重组表达质粒pPIC9K-GluGF，转化后筛选到阳性重组毕赤酵母菌.重组菌产酶的最佳甲醇诱导体积为0.5%，诱导时间为168 h.重组菌诱导培养制备的粗酶液具有GluGF的活性，可以水解人参皂苷Rb1，产物中皂苷C-K含量达到0.09 ...
利用表面活性剂结合无机盐与华根霉（Rhizopus chinensis）脂肪酶（RCL）共冻干，以提高RCL在有机相中的酯合成活性.结果表明，n-十二烷基-β-D-麦芽糖苷（DDM）可以显著激活RCL的酯合成活性.DDM激活效果的关键影响因素是DDM与RCL的摩尔比，而非DDM浓度；当二者摩尔比大于30时，
利用茎环结构定位探针构建了一个基于双酶切反应的级联信号放大体系，并将其用于核酸的检测.在该体系中，茎环结构定位探针首先是内切酶Tth Endonuclease Ⅳ的作用底物，被剪切后又作为定位探针介导切口酶Nt.BstNBI对分子信标实施剪切，将这2步剪切反应结合起来可有效克服切口酶对于目标核酸中特定识别序列的依赖，
利用药物发现软件Discovery Studio 4.5（DS），以基于结构的虚拟筛选天然产物化合物库的方法，获得O-连接N-乙酰葡糖胺转移酶（OGT）天然产物抑制剂阿曼托双黄酮（AF）.AF能够在体外抑制OGT的酶活.分子动力学（MD）模拟实验结果表明，AF能够稳定结合在OGT蛋白的底物结合口袋中，并与口袋附近多个氨基酸形成氢键.细胞内活性检测结果表明，AF能够有效抑制蛋白质的O-GlcNAc修...
利用同步荧光光谱、三维荧光光谱及分子动力学模拟方法研究了β-内酰胺类抗生素头孢西丁（CFX）与金属β-内酰胺酶BcⅡ之间的相互作用机制.荧光光谱分析表明，CFX与BcⅡ在结合过程中可诱导BcⅡ构象发生改变.分子动力学模拟结果表明，上述构象变化是BcⅡ在CFX的诱导下通过改变其结合口袋附近Loop构象，使二者达到完美匹配的一个诱导契合过程，并最终形成一个洞穴状疏水口袋以利于CFX的结合及催化水解.
磁性氧化石墨烯固定化氯过氧化物酶及其在奥酸性蓝45脱色中的应用
磁性氧化石墨烯 氯过氧化物酶 固定化 奥酸性蓝45
2019/1/16
以氧化石墨烯和Fe3O4为原料制备磁性氧化石墨烯，采用吸附法将氯过氧化物酶固定在磁性氧化石墨烯上，考察了固定化体系缓冲溶液pH值、固定化时间及反应温度对固定效果的影响.以氯过氧化物酶催化氧化奥酸性蓝45染料脱色反应为模型反应，探讨了固定化氯过氧化物酶的操作稳定性.实验结果表明，pH=3.5，反应15 min、反应温度15℃为固定化氯过氧化物酶的最佳催化条件；采用共沉淀法制备载体，加入的NH4Fe（...
运用Discovery Studio 4.5软件，通过同源建模及分子动力学优化获得柞蚕小吐白水软化病毒（ApIV）3C蛋白酶的3D结构；通过分子对接对天然产物库进行虚拟筛选，得到1个ApIV 3C蛋白酶的有效抑制剂3'，4'，5，7-四羟基异黄酮（Orobol）.分子对接和分子动力学（MD）模拟结果进一步证明Orobol能稳定结合于ApIV 3C蛋白酶的结合口袋处.体内外的ApIV病毒抑制实验结果...