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本发明涉及一种具有免疫隔离性能的微胶囊的制备方法，在复凝聚法制备的海藻酸钙-壳聚糖微胶囊的基础上，分别与海藻酸钠溶液及壳聚糖溶液通过层层交替自组装的方法，精确控制微囊膜的孔径，使其可以通过牛血清白蛋白(BSA)，但不能通过免疫球蛋白IgG，从而制备出具有免疫隔离性能的海藻酸钠-壳聚糖微胶囊。