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近数十年来，随着高性能计算（HPC）的不断发展，摩尔定律依然有效，而计算机辅助药物设计方法也随之快速发展。HPC 在药物设计领域有多种关键应用，如药物-靶标结合强度预测（药效预测）、虚拟筛选、分子动力学模拟和蛋白质折叠等，这些应用明显加速了药物发现。
正电子计算机断层显像骨显像剂氟化钠的药动学和显像效果研究
正电子计算机断层显像 骨显像 氟[18 F]化钠 药动学 药效学
2020/9/2
氟化钠是一种正电子计算机断层显像(PET)骨显像剂,主要用于诊断成骨活性有改变的病灶。本实验旨在考查氟化钠的药动学性质,并通过PET显像研究其诊断效果。方法 首先制备氟化钠注射液,并对其进行质量控制,然后研究其在新西兰兔体内的血液清除情况和血浆蛋白结合率,进行氟化钠PET和99Tcm-MDP SPECT显像的随机对照试验,并对显像效果进行比较。
河南工业大学生物制药工艺学课件 生物制药工艺参数计算。
食管癌患者CBCT图像剂量计算准确性的分析评估
食管癌 锥形束CT HU值 剂量计算
2020/6/12
分析探讨食管癌患者利用锥形束CT（CBCT）图像进行剂量计算应用的可行性。方法：选择8例经过旋转调强放疗的食管癌患者，利用自主研发ART软件实现患者扇形束CT（kVCT）和首分次CBCT的准确形变配准及计划映射，同时采用直方图匹配方法对CBCT的HU值进行修正；将所得CBCT计划导入到原系统采用kVCT的HU-ED曲线及跳数重新完成剂量计算。
近日，中国科学院深圳先进技术研究院医药所计算机辅助药物设计中心袁曙光课题组带领团队，利用人工智能和计算生物学的方法从158万个化合物中寻找到了17个嗅觉受体蛋白Olf73的活性药物分子。该工作为基于嗅觉受体蛋白的药物发现与设计提供了有力的理论基础和依据。该成果以Computational modeling of the olfactory receptor Olfr73 suggests a mo...
近日，我校化工与化学学院张家旭、杨丽教授课题组在材料和药物合成的理论计算模拟取得重要进展。研究成果“溶剂分子如何影响消除和取代竞争动力学，洞察机理随溶剂化的变迁机制” (How a Solvent Molecule Affects Competing Elimination and Substitution Dynamics. Insight into Mechanism Evolution wi...
北京大学前沿交叉学科研究院裴剑锋、来鲁华课题组发展蛋白质结合口袋探测与性质预测综合在线计算平台CavityPlus（图）
北京大学前沿交叉学科研究院 裴剑锋 来鲁华 课题组 蛋白质 口袋探测 综合在线计算平台 CavityPlus
2018/7/23
北京大学前沿交叉学科研究院定量生物学中心生物分子设计团队裴剑锋课题组整合该团队近年来在蛋白质口袋探测及性质预测领域发展的新方法，发展了开放式图形在线计算服务平台CavityPlus，用于精确探测蛋白质表面的结合口袋，同时计算结合口袋的多种性质（http://repharma.pku.edu.cn/cavityplus或http://www.pkumdl.cn/cavityplus）。对于用户输入的...
中国科学院上海药物研究所蛋白质折叠计算模拟研究取得进展（图）
蛋白质 计算模拟 大规模计算机 生物体系
2014/7/18
在生物体系中，蛋白质通过折叠成特定的三维结构发挥功能。这种折叠过程可能受到不同因素的影响，如配体结合、聚合状态等。充分理解蛋白质折叠过程对于药物分子设计、蛋白质突变所导致致病机理的预测、深入了解细胞功能以及进化都至关重要。大规模计算机模拟有潜力从原子水平捕捉整个蛋白系统的动态过程，但是对于现在的计算条件而言，要达到生物相关的时间模拟尺度仍是一个非常大的挑战。
中国科学院上海生命科学研究院上海药物所蛋白质折叠计算模拟工作取得进展（图）
蛋白质 折叠计算 模拟工作
2014/7/29
在生物体系中，蛋白质通过折叠成特定的三维结构发挥功能。这种折叠过程可能受到不同因素的影响，如配体结合、聚合状态等。充分理解蛋白质折叠过程对于药物分子设计、蛋白质突变所导致致病机理的预测、深入了解细胞功能以及进化都至关重要。大规模计算机模拟有潜力从原子水平捕捉整个蛋白系统的动态过程，但是对于现在的计算条件而言，要达到生物相关的时间模拟尺度仍是一个非常大的挑战。
磷脂生物代谢网络的对接重构计算
蛋白质分类 多重对接 聚类分析 磷脂代谢网络
2014/7/30
拟在分析蛋白的功能聚类和体内作用基础上，建立生物体内蛋白质的生理功能相关网络，相关研究结果有助于在基于整体生物学功能理解的基础上做出正确的选择。方法：通过多重对接策略构建生物功能网络，采用受体-配体相互作用强度分子指纹图谱揭示蛋白质未知的生物学功能以及它们之间的联系。结果：对包含27个蛋白酶和28个内源性生物活性分子的磷脂代谢网络进行了重构计算，从蛋白质–配基作用网络的重构和基于生物网络的分子设计...
英美科学家合作研究利用超性能计算机为病人“抓药”
英美科学家 性能计算机 病人“抓药”
2014/4/17
科学家普遍认识到同种药物对不同病人的疗效存在很大差异，并已开展相关研究，致力于让计算机为病人选择个性化治疗药物。 英国伦敦大学学院和美国罗格斯大学的联合研究团队，将基因测序技术和超级计算机技术相结合，试图探索解决这一命题。研究人员把艾滋病（HIV）蛋白酶分子作为对象,酶在不同人体中形状略有不同，尤其是在蛋白质活动区，在那里酶完成切片并构成了下一个病毒，进而形成特定的病毒基因序列。如果知道了酶的形状...
巴西开发计算机模拟平台设计新药
巴西 计算机模拟平台 新药
2013/8/20
巴西国家科学计算实验室近日发布了巴西也是南半球首个帮助新药物设计的受体－配基分子对接模拟平台。这一免费的开放平台将有助于研发治疗艾滋病与南美锥虫病等疾病的药物。治疗艾滋病、癌症等疾病的药物，要与细胞的特定蛋白质结合才能发挥疗效。与药物结合的细胞蛋白质被称为受体，受体与药物结合的分子基团则被称为配基。筛选合适的受体和配基已成为新药物研发的重要环节。据介绍，通常研发一种新型药物需要耗费10到15年和巨...
高性能计算863课题启动会在中国科学院上海药物研究所召开（图）
高性能计算 863课题启动会 中国科学院 上海药物研究所
2012/11/14
2012年10月12日，高性能计算863课题“新药研发与蛋白质折叠数值模拟软件系统及应用”启动会在上海药物所召开。