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近日，我校材料学院刘润辉教授课题组在发展新型多肽模拟物并用于治疗耐药菌感染研究领域取得突破性成果，相关成果以“基于聚恶唑啉的多肽功能模拟物消除耐药金葡菌感染和休眠细菌并减轻抗生素耐药性压力”为题，在化学顶级期刊《德国应用化学》上发表，并被评审专家选为该期刊发表论文总数前5%的VIP （非常重要）论文。
依据抗癫痫药物药动学/药效学原理,应用蒙特卡罗模拟法评价和优化拉莫三嗪儿童给药方案。方法 根据已公开发表的中国儿童拉莫三嗪群体药动学研究资料,比较拉莫三嗪用于2~12岁癫痫儿童的25种给药方案以及用于12岁以上癫痫儿童的33种给药方案各运行蒙特卡罗模拟10 000例次可能达到的稳态血药浓度(css)值及其概率分布(PTA),据此评价给药方案的合理性,并筛选出最优维持给药方案。
近日，我校化工与化学学院张家旭、杨丽教授课题组在材料和药物合成的理论计算模拟取得重要进展。研究成果“溶剂分子如何影响消除和取代竞争动力学，洞察机理随溶剂化的变迁机制” (How a Solvent Molecule Affects Competing Elimination and Substitution Dynamics. Insight into Mechanism Evolution wi...
中国科学院上海药物研究所蛋白质折叠计算模拟研究取得进展（图）
蛋白质 计算模拟 大规模计算机 生物体系
2014/7/18
在生物体系中，蛋白质通过折叠成特定的三维结构发挥功能。这种折叠过程可能受到不同因素的影响，如配体结合、聚合状态等。充分理解蛋白质折叠过程对于药物分子设计、蛋白质突变所导致致病机理的预测、深入了解细胞功能以及进化都至关重要。大规模计算机模拟有潜力从原子水平捕捉整个蛋白系统的动态过程，但是对于现在的计算条件而言，要达到生物相关的时间模拟尺度仍是一个非常大的挑战。
中国科学院上海生命科学研究院上海药物所蛋白质折叠计算模拟工作取得进展（图）
蛋白质 折叠计算 模拟工作
2014/7/29
在生物体系中，蛋白质通过折叠成特定的三维结构发挥功能。这种折叠过程可能受到不同因素的影响，如配体结合、聚合状态等。充分理解蛋白质折叠过程对于药物分子设计、蛋白质突变所导致致病机理的预测、深入了解细胞功能以及进化都至关重要。大规模计算机模拟有潜力从原子水平捕捉整个蛋白系统的动态过程，但是对于现在的计算条件而言，要达到生物相关的时间模拟尺度仍是一个非常大的挑战。
巴西开发计算机模拟平台设计新药
巴西 计算机模拟平台 新药
2013/8/20
巴西国家科学计算实验室近日发布了巴西也是南半球首个帮助新药物设计的受体－配基分子对接模拟平台。这一免费的开放平台将有助于研发治疗艾滋病与南美锥虫病等疾病的药物。治疗艾滋病、癌症等疾病的药物，要与细胞的特定蛋白质结合才能发挥疗效。与药物结合的细胞蛋白质被称为受体，受体与药物结合的分子基团则被称为配基。筛选合适的受体和配基已成为新药物研发的重要环节。据介绍，通常研发一种新型药物需要耗费10到15年和巨...
离散事件仿真模拟的基本组成元素及其在药物经济学评价中的应用实例分析
离散事件仿真模拟 药物经济学 慢性疾病
2014/1/24
阐述离散事件仿真模拟（DES）的基本组成元素，为DES在药物经济学中的应用提供参考。方法：参考国内、外相关文献，介绍DES的基本组成元素及运行，与Markov 模型相比较，并结合具体实例阐述DES在药物经济学中的运用。结果：DES能较好地模拟慢性疾病的进展过程，特别适用于对临床干预远期效果的决策评价。结论：运用DES进行药物经济学研究，可以丰富我国药物经济学研究内容。
聚(2-乙基-2-噁唑啉)修饰超氧化物歧化酶模拟物脂质体冻干制剂的制备
超氧化物歧化酶模拟物 脂质体 冻干保护剂 冻干制剂 包封率
2014/1/11
制备聚（2-乙基-2- 唑啉）（PEOZ）修饰超氧化物歧化酶（SOD）模拟物脂质体的冻干制剂。方法：通过考察预冻方式、预冻时间、真空干燥时间及联合冻干保护剂的种类及比例等优化冻干工艺，并测定所制制剂的水化复溶时间、粒径和包封率。结果：以10％乳糖+1％甘露醇+10％海藻糖作为联合冻干保护剂，并以外加方式加入PEOZ修饰SOD模拟物脂质体中，快速冷冻5 h，真空干燥30 h，可得到外观光洁、平整的目...
建立聚（2-乙基-2-NFDE6唑啉）[poly(2-ethyl-2-oxazoline)，PEOZ]修饰超氧化物歧化酶（superoxide dismutase，SOD）模拟物脂质体的活性测定方法。方法 以薄膜分散法制备聚（2-乙基-2-NFDE6唑啉）化超氧化物歧化酶模拟物脂质体，利用氮蓝四唑（NBT）光照法对超氧化物歧化酶模拟物及聚（2-乙基-2-NFDE6唑啉）化超氧化物歧化酶...
莫沙必利对模拟急性高原暴露大鼠小肠动力的改善作用
莫沙必利 缺氧 小肠动力 ZO-1 mRNA
2012/5/21
观察莫沙必利对高原缺氧大鼠小肠动力及黏膜屏障的保护作用，初步探讨其对肠道急性缺氧损害的预防作用。 方法 将90只SD雄性大鼠按随机数字表法分为正常对照组、高原缺氧组、高原莫沙必利组；低压氧舱模拟海拔6 000 m，氧分压 (9.31±0.05) kPa，氧含量（19.6±0.2）%，建立大鼠急性缺氧模型, 高原莫沙必利组采用莫沙必利灌胃，3次/d，每天剂量0.27 mg/k...
通过晶体学以及分子动力学模拟对BACE1关键区域flap区域的研究（图）
晶体学 分子动力学 BACE1 flap区域
2012/2/29
b-分泌酶BACE1(b-site amyloid precursor protein-cleaving enzyme 1)是切割淀粉样前体蛋白APP产生阿尔茨海默病病理特征老年斑的主要成分b-淀粉样多肽的限速酶，是目前研究治疗阿尔茨海默病药物的重要靶标。已有晶体结构表明BACE1底物结合口袋巨大且柔性较大，因而造成寻找其非肽类的小分子抑制剂十分困难。如何充分考虑底物结合口袋的柔性对设计和改造获得...
应用蒙特卡罗模拟法优化产ESBLs肠杆菌感染的拉氧头孢给药方案
蒙特卡罗模拟 拉氧头孢 超广谱β-内酰胺酶
2014/1/24
评估拉氧头孢抑制产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）菌株的活性，优化其给药方案。方法：收集产ESBLs的菌株，采用肉汤稀释法测定最低抑菌浓度（MIC），通过蒙特卡罗模拟（MCS）法评估了拉氧头孢每个稳定状态下游离药物浓度（％f T＞MIC）的目标达成概率。结果与结论：根据MCS结果，在70％f T＞MIC获得80％目标达成率的有效给药方案是：每12 小时输注1 g 剂量，输注时间超过3～4 h，用于...
b-分泌酶BACE1(b-site amyloid precursor protein-cleaving enzyme 1)是切割淀粉样前体蛋白APP产生阿尔茨海默病病理特征老年斑的主要成分b-淀粉样多肽的限速酶，是目前研究治疗阿尔茨海默病药物的重要靶标。已有晶体结构表明，BACE1底物结合口袋巨大且柔性较大，因而造成寻找其非肽类的小分子抑制剂十分困难。如何充分考虑底物结合口袋的柔性，对设计和改造...
b-分泌酶BACE1(b-site amyloid precursor protein-cleaving enzyme 1)是切割淀粉样前体蛋白APP产生阿尔茨海默病病理特征老年斑的主要成分b-淀粉样多肽的限速酶，是目前研究治疗阿尔茨海默病药物的重要靶标。已有晶体结构表明BACE1底物结合口袋巨大且柔性较大，因而造成寻找其非肽类的小分子抑制剂十分困难。如何充分考虑底物结合口袋的柔性对设计和改造获得...