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2024年2月28日，中国科学院大连化学物理研究所生物技术研究部生物分子结构表征新方法研究组（1822组）王方军研究员团队与南方科技大学董哲副教授团队合作，发展了一种蛋白质疏水功能热点原位三氟甲基化标记和质谱探测的新方法，为蛋白质疏水作用位点发现和功能研究提供了新手段。
本发明涉及一种结合二级质谱强度和机器学习算法的蛋白质组无标记定量方法，用于蛋白质组水平的绝对和相对定量分析。该方法首先需要在液相色谱-串级质谱系统上分析用于建立训练数据集的蛋白质组实际样品的酶解肽段混合物以及待分析的蛋白质组样品的酶解肽段混合物。样品总量可以通过细胞计数或测定蛋白浓度得知，根据上一步算得的百分比和样品总量即可以计算每一个蛋白的绝对量。将同一个蛋白在不同样品中的绝对量进行比较即可以获...
近日，中国科学院大连化学物理研究所生物技术研究部生物分子结构表征新方法研究组研究员王方军团队发布了表征蛋白质-纳米材料界面相互作用精细结构的赖氨酸反应性分析-质谱（LRP-MS）实验手册。
北京大学化学与分子工程学院邹鹏课题组开发基因编码的光控蛋白质标记新技术（图）（图）
邹鹏 基因编码 光控蛋白 标记技术
2023/6/20
2023年5月23日，北京大学化学与分子工程学院、合成与功能生物分子中心、北大-清华生命科学联合中心、IDG/麦戈文脑科学研究所邹鹏课题组在《自然-通讯》发表题为“Genetically encoded photocatalytic protein labeling enables spatially-resolved profiling of intracellular proteome”的研究...
2023年4月3日，精密测量院李从刚研究团队，以高灵敏的19F化学标记方法，结合电穿孔递送技术，实现了人源细胞内6-40 kD的结构蛋白观测，其检测浓度低至1.0 μM，接近了部分蛋白质的生理浓度。相关研究成果发表于《德国应用化学》（Angew. Chem. Int. Ed.）。
大连化学物理研究所利用自主搭建的质谱仪器研究蛋白质结构（图）
质谱仪器 蛋白质结构 氨基酸侧链
2023/4/14
近日，大连化学物理研究所生物分子结构表征新方法研究组(1822组)王方军研究员、刘哲益副研究员团队与西南交通大学封顺教授团队合作，利用自主搭建的高能紫外激光解离—串联质谱仪器，揭示了质子化氨基酸侧链的正电荷在电喷雾离子化过程中影响蛋白质结构的分子机制，为质谱精确表征蛋白质高级结构提供了参考。
2022年7月11日，中国科学院大连化学物理研究所生物分子结构表征新方法研究组（1822组）王方军研究员团队与南方科技大学田瑞军教授、李鹏飞副教授等人合作，利用193nm紫外激光解离—质谱装置，实现了免疫共受体CD28磷酸化胞质端与激酶PKCθ的C2结构域识别结合机制解析。
蛋白质液-液相分离（liquid-liquid phase separation, LLPS）介导细胞中多种“无膜细胞器”（membrane-less organelles）的动态组装，无膜细胞器的形成参与到广泛的生命过程中。近年来，越来越多具有不同生物学功能的蛋白质被发现在体外具有LLPS能力。不同蛋白质的LLPS对蛋白质浓度、pH、离子强度、温度、拥挤试剂等多种不同条件高度敏感。如何有效快速的...
化学蛋白质组学是注释蛋白质功能和发现生物活性配体靶标的重要工具。在化学蛋白质组学技术中，最常用的是基于活性的蛋白质分析（Activity-based protein profiling，简称ABPP），该方法通过结合活性分子探针标记和串联质谱分析，实现靶蛋白的鉴定。随着定量组学技术的发展，科学家们将活性分子探针和基于同位素标签的蛋白质组学方法相结合，开发了一系列定量化学蛋白质组学技术，包括基于一级...
探索并建立了一种快速、简便且高通量定量磷酸化蛋白质组的策略，即采用连续互补的磷酸化富集方法SMOAC（Sequentialenrichmentofmetaloxideaffinitychromatography）结合TMT（Tandemmasstag）标记技术定量磷酸化蛋白质组学。以3例经紫草素处理的及3例正常的人肝癌HepG2细胞为实验材料，经Trypsin酶解后的肽段用TMT10-plex试剂...
我国首次实现从一氧化碳到蛋白质合成并形成万吨级工业产能（图）
一氧化碳合成蛋白质 工业产能 一碳生物合成
2022/6/16
近日，中国农科院饲料所宣布，我国在一碳生物合成领域取得重大突破性进展：全球首次实现从一氧化碳到蛋白质的合成，并已形成万吨级工业产能。
蛋白质是生命活动的主要执行者。人类疾病的发生、发展与细胞内蛋白质的表达异常或功能缺失密切相关。因此，活细胞层次递送蛋白质药物对于生命过程的化学干预、疾病诊断和治疗研究具有重要意义。在国家自然科学基金委、科技部和中国科学院的支持下，中国科学院化学研究所活体分析化学实验室汪铭课题组近来围绕蛋白质药物智能递送开展了系统研究，先后发展了阳离子脂质体以及金属有机框架等载体，探索了载体对细胞微环境的响应性及胞...
拓扑是链式大分子的重要结构属性。变化拓扑结构也是调控大分子性质和功能的常用手段。近年来，具有环状、打结和链环等非线性化学拓扑结构的蛋白质被陆续发现，其研究揭示了拓扑结构可能会给蛋白质带来稳定化作用。这为工业酶、蛋白质药物等研发改性提供了崭新的思路。基于“组装-反应”协同的思想，人们利用可基因编码的蛋白质缠结基元和反应基元，已经实现了不同拓扑蛋白质的高效生物合成，并意识到这些基元对于发展蛋白质拓扑工...
在生命体系中，蛋白质可组装成高阶的结构以执行特定的生物功能，这些蛋白结构包括动态聚合物（肌动蛋白、微管蛋白等）、多维结构（细菌s层、胶原蛋白等）及完整的晶体（如质多角体病毒多面体）。这种生物组装过程激发了科学家们对蛋白质的新功能开发：即作为“构建模块”，设计具有非凡功能的生物纳米结构。基于计算机辅助的DNA-DNA互补配对和金属配位诱导的蛋白质组装技术在该领域取得了显著的进展。然而，由于蛋白质在形...
蛋白质磷酸化是最重要的翻译后修饰之一，在细胞信号转导、分化增殖、应激响应等生命过程中都扮演着极为重要的角色，更直接影响了包括肿瘤在内等诸多疾病的发生发展过程。在过去的几十年中，得益于质谱技术的飞速发展，磷酸化蛋白质组学技术日趋完善，并在生命科学和医学领域得到了广泛的应用【1】。